Tras la muerte del pensador, la Universidad de Salamanca, como uno más de los actos conmemorativos de su VII centenario, se planteó realizar las primeras obras de adaptación de la Rectoral regresando, desde la casa familiar de Bordadores, el mobiliario y numerosos recuerdos personales de don Miguel y sus hijos. Poco antes de morir, donó Unamuno sus libros a la Universidad. Son, en total, cerca de 6000 volúmenes, conservados en su biblioteca personal, acumulados durante su estancia en Salamanca y en Hendaya. Dichos títulos, mostrados en el museo, pueden ser consultados por los investigadores que acuden al archivo de este centro.